El 80% de los puntos de muestreo en los ríos de Navarra presentan un estado ecológico «bueno o muy bueno», lo que supone 102 sobre 128 puntos analizados. Es el caso del río Bidasoa, analizado en diferentes puntos y cuyo muestreo ha dado un estado ecológico 'bueno' o 'muy bueno', según distintas zonas.
Según un estudio de 2016 realizado por la empresa pública Gestión Ambiental de Navarra en colaboración con Nilsa (Navarra de Infraestructuras Locales, SA), este diagnóstico «supone el mejor resultado de toda la serie de los años 2000 a 2016, similares a los del año 2014, y en la línea de los últimos seis años de la serie 2000-2016». Este estudio muestra el seguimiento y los diagnósticos realizados durante 2016 para verificar el grado de cumplimiento de las exigencias de la normativa comunitaria (Directiva Marco del Agua y de Directiva de Nitratos).
En cuanto a las aguas subterráneas, presentan una buena calidad en la mayor parte de los puntos controlados, ya que de los 113 existentes, únicamente se han detectado 16 con incumplimientos sobre el nivel de muestreo (superiores a una concentración media anual de 50 mg/l que marca la Directiva de Nitratos).
Ellos se ubican en zonas con intenso uso agrícola, básicamente en el eje del Ebro y los aluviales de afluentes.
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